ஜி.எஸ்.டி கவுன்சிலின் பரிந்துரைகள் மத்திய, மாநில அரசுகளை கட்டுப்படுத்தாது என்றும் அதன் வரி விதிப்பு தொடர்பாக சட்டம் இயற்ற மத்திய, மாநில அரசுகளுக்கு சம உரிமை உள்ளதாகவும் உச்சநீதிமன்றம் தீர்ப்பளித்துள்ளது.
கடல் சரக்குகள் மீதான ஒருங்கிணைந்த ஜிஎஸ்டி வரியை ரத்து செய்த குஜராத் உயர் நீதிமன்றத்தின் தீர்ப்பை எதிர்த்து மத்திய அரசு சார்பில் உச்சநீதிமன்றத்தில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது.
இதன் விசாரணையில், ஜிஎஸ்டி வரிவிதிப்பில் மத்திய, மாநில அரசுகளுக்கு பிரத்யேக அதிகாரங்கள் சட்டபூர்வமாக வழங்கப்பட்டவை என நீதிபதிகள் குறிப்பிட்டனர். மேலும், ஜிஎஸ்டி கவுன்சிலால் மத்திய, மாநில அரசுகளுக்கு பரிந்துரைகளை மட்டுமே வழங்க முடியும் என்றும் நீதிபதிகள் குறிப்பிட்டனர்.